悪性疾患：肺癌、縦隔腫瘍、悪性中皮腫
肺感染症：肺結核、肺非結核性抗酸菌症、肺炎・肺化膿症、胸膜炎、急性膿胸。
呼吸機能障害：慢性閉塞性肺疾患、気管支拡張症、嚢胞性肺疾患、睡眠時無呼吸症候群、じん肺、アスベスト肺、慢性呼吸不全、急性呼吸窮迫症候群。アレルギー・自己免疫性疾患：気管支喘息、好酸球性肺炎、間質性肺炎、特発性器質化肺炎、サルコイドーシス、過敏性肺臓炎、肺胞蛋白症
胸膜疾患：気胸
その他感染症：HIV感染症・AIDS
これらの代表的な疾患以外も呼吸器疾患全般に対応いたします。
当院において施行可能な検査には、HRCT、MRI、核医学検査(画像診断)、呼吸機能検査(スパイログラム、ガス交換機能、睡眠時無呼吸モニター）、気管支鏡検査(気管支、肺生検、擦過細胞診、気管支肺胞洗浄)、胸腔検査(胸水検査、胸膜生検）、超音波・CTガイド下肺生検などがあります。これらの検査により確実な診断をつけガイドラインに準拠した最新の治療を提供しています。
主として肺癌や転移性肺腫瘍を中心とする肺腫瘍、縦隔腫瘍、胸壁腫瘍などの疾患について幅広く対応していますが、 同時に関連する非腫瘍性疾患についても外科治療に携わっています。
呼吸器外科手術症例における手術件数は原発性肺癌が最も多く、転移性肺腫瘍、良性肺腫瘍、 縦隔腫瘍などの腫瘍性疾患を中心としていますが、非腫瘍性疾患では非結核性抗酸菌症・アスペルギルス症・膿胸など炎症性疾患と肺嚢胞や 自然気胸など呼吸器外科領域全般にわたり年間100～130例の外科治療を行っています。
原発性肺癌の手術治療成績は、術後病理病期別5年生存率でⅠA期81％、ⅠB期62％、ⅡA期65％、ⅡB期55％、ⅢA期32％、 ⅢB期24％、Ⅳ期21％でした。感染症領域の治療は、薬物療法が主体となりますが、難治性のものに対しては手術療法を選択しています。
非結核性抗酸菌症に対しては、区域切除を行い肺機能温存を図っています。アスペルギルス症に対しては肺葉切除術を、 膿胸に対しては肺葉切除術、醸膿胸膜剥皮術、掻爬術、胸郭形成術、開窓術、大網・筋肉弁充填術を組み合わせた治療を行なっています。
これら全ての領域で薬物療法と手術療法を取り入れ呼吸器内科医・呼吸器外科医が協力して診療にあたっています。
呼吸器病センターは新病棟5階にあり、検査部門（X線透視室、気管支鏡検査室）と手術部門（手術室）が同じフロアー内にあり、効率的な診療が可能な構造になっています。個室も8部屋あり、病状や希望により対応が可能となっています。4階には回復期リハビリテーション病棟もあり、連携して診療に当たっています。
